1 сезон:
На американского подростка Дэна Кузо и других детей с неба посыпались странные карты и шарики. Дети собрали их и придумали стратегическую игру. В каждом шаре был монстр, который приобретает свои реальные рост и способности. В картах записаны способности и бонусы для монстров. Все это люди и назвали Бакуганов. Но до тех пор, пока загадочный игрок по прозвищу Маска не начал отправлять Бакуганов своих противников в измерение Смерти в Вестрое (галактика, из которой пришли бакуганы). Дэн хорошо играл в бакуган и понял что это не просто игра, а нечто более важное. И Маска навербовал нескольких лучших в мире игроков в бакуган, подчиняясь приказу бакугана Наги и человека Хел Джи (дедушка Элис), которые с помощью этой игры решили захватить власть в Вестрое и на Земле. Но на их пути встали отчаянные бойцы бакуган: Дэн (Драго), Руно (Тигрерра), Маручо (Прейс), Джули (Горем), Шун (Скайресс), Элис.
И 2 сезона:
Прошло несколько лет. Дэниэл Кузо и другие отчаянные бойцы подросли, почти забыли про игру в Бакуган, когда внезапно Бакуган Дэна — Драго просит того о помощи. Дэн один отправляется в новый мир Бакуганов — Новую Вестройю. Эту планету завоевали люди с другой планеты — вексы, которые видят в бакуганах не живых существ, а всего лишь орудия для игры. Вместе с Дэном в этот мир попадает Маручо, а затем и Шун, и вместе они присоединяются к Фронту сопротивления бойцов бакуган — Мире, Эйсу и Берону, которые борются за свободу Бакуганов.